為了避免醫院為病患進行重複檢查、檢驗，以及減少無效醫療及不當處方，健保局利用醫院申報資料進行分析，並訂定「不予支付指標」，針對偏離醫療常規的部分核刪健保給付，近3年共核刪8,380萬點，以平均每點1元計算，相當於省下8,300多萬元。

健保局指出，不予支付指標的項目多達54項，包含電腦斷層掃描（CT）、磁振造影（MRI）檢查都訂定「90日內同部位再執行率過高」標準、針對管制藥品Zolpidem訂定「門診同院同一病人每季申報開藥天數最高不超過180天」等限制，以避免醫療資源遭到濫用。

健保局指出，透過不予支付指標制度，98年核刪醫療費用2,620萬點（一點約一元）、99年核刪2,300萬點、100年核刪3,460萬點，總計三年核刪8,380萬點。

不過，有醫師指出，部分病患的體質較容易產生腎結石，健保限制「同醫院」、「同病患」一年最多只能做五次體外震波碎石術，若復發次數超過五次，醫生就必須採取內視鏡等其他治療方式，免得被核刪點數，如此一來，反而影響病患醫療權益。

此外，醫師指出，健保局針對治療、用藥超過不予支付指標的病例會要求醫師填具報告，不但額外加重醫師行政作業負擔，且仍有不少案件被認定為非必要性醫療而遭核刪點數，產生要求病患自費或醫療人球的情況。