補充益生菌，是增加腸道好菌的方法之一。專家指出，被選為益生菌的菌種，食用後必須通過胃酸考驗，並在腸道內繁殖、形成菌叢，幫助人體消化吸收、增進人體健康，且不能成為病源微生物。

臨床實驗證實，益生菌對於治療經常性腹瀉、病毒性腸炎、因服用抗生素引起的腸炎或因癌症治療使腸道黏膜受傷引起的腹瀉等都相當有幫助，且益生菌還能促進維生素B、K合成、減少腸道壞菌生長。

專家指出，益生菌能協助腸道免疫調節、避免病菌從腸道黏膜入侵，但並沒有實驗證明益生菌可以改善過敏性鼻炎、過敏性氣喘等過敏症。

芬蘭一份研究，將132位有過敏家族史的孕婦分成實驗組及對照組，其中實驗組在孕婦懷孕期間以及新生兒出生後到2歲為止，持續補充LGG益生菌，結果發現，補充LGG菌的兒童罹患異位性皮膚炎的機率較對照組減少50％。

然而，該研究追蹤6年後卻發現，受試兒童發生過敏性氣喘及過敏性鼻炎的比率卻增加了2～3倍，因此益生菌能改善過敏症狀的說法，顯然有待商榷。

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