今（102）年1月，二代健保補充保費制度上路，除了民眾怨聲載道外，扣繳作業複雜化，增加健保署及扣費義務人的行政作業成本，也讓衛福部遭到監院糾正。

監察院指出，國內有30.8萬家民營企業為補充保費扣費義務人，以健保補充保費一年收進約206億元來看，平均每家企業一年上繳7萬元，然而，這些企業為了施行健保補充保費扣繳作業，每年將會增加9億元加班費，平均每家企業增加2,900元支出，作業成本超過上繳補充保費的4％。這還不包括申報內容出現錯誤，企業必須檢查與更正、列印補充保費相關資料所需文具、印刷以及加班水電費等成本，另外，健保署的作業成本也未計入。

監察報告指出，衛福部倉促實行健保補充保費制度，沒有量化計算補充保費的行政成本，採取最簡化的程序，導致實質效益偏低，因此予以糾正。