水菸與紙菸均使用菸草，皆會對健康造成危害。據世界衛生組織東地中海區域辦事處資料顯示，水菸常見主成分為菸草，其加熱時使用木渣、木炭等燃料，會產生含有大量一氧化碳、金屬和致癌化學物等。典型使用1小時的水菸過程中，使用者吸入的菸霧量是單支紙菸吸入量的100至200倍2，對呼吸道和心血管系統同樣會產生急性及長期危害，且可能增加冠狀動脈疾病和慢性阻塞性肺病的風險。此外，水菸產生的二手菸是菸草菸霧和燃料的混合物，除對吸入者構成嚴重健康風險，兒童及懷孕婦女亦受影響。

呼籲年輕族群 莫因好奇而嘗試使用
水菸使用者往往對水菸的健康危害認知甚少或認為其危害較少；例如，常常錯誤地認為水菸菸霧會通過水淨化；但水菸並非紙菸的替代品，並且沒有任何證據顯示，其裝置或配件可降低對使用者的危害。另外，水菸常添加水果、糖果或甜味等口味，進而吸引年輕人和女性使用。
依據國民健康署111年大專院校學生吸菸及健康行為調查結果發現，有5.0%的大專校院學生曾經使用水菸，高於109年的3.6%、107年的1.8%。國民健康署呼籲年輕族群，為維護自身健康，切莫因好奇心驅使或同儕壓力而輕易嘗試，使用水菸一樣有害健康，請拒絕任何形式的菸品。

使用水菸  共用菸嘴增加傳染病風險
多數使用水菸者，會認為使用水菸比紙菸更好，但研究顯示，使用紙菸或水菸的人都暴露在毒性物質環境，而使用水菸仍會產生如焦油、一氧化碳、甲醛、乙醛、多環芳香烴等有害物質，進而造成癌症、呼吸道疾病和心血管疾病的風險3。
水菸使用者通常會共用菸嘴和軟管，特別是在社交場合的環境中，多數商家可能因清潔該設備既費力又耗時，往往不會在每次使用水菸後清潔設備，增加傳染病傳播的可能性。