健保補充保費政策上路後，擁有非薪資收入的民眾必須額外繳納2％補充保費，由於健保一般保費是以職業別，分六大類身分投保，有學者分析2012年健保補充保費收費資料發現，有農漁民、榮民和職業工會會員等四成民眾，年所得比上班族高，但一般保費卻享優惠，顯示以職業別計費的一般保費費基並不公平。

淡江大學會計系教授韓幸紋分析2012年收取逾1,200萬名民眾的補充保費發現，有些使用農漁民、職業工會、眷屬、榮民等身份的加保者，單靠不動產平均一年可有40～50萬租金收入，但一般保費因可享優惠只需繳交3～400元，相同收入的上班族則需每月自負5～600元。

研究顯示，補充保費雖然讓所得愈高的人需繳愈多的補充保費，但一般保費卻受限於身分別投保，出現高薪低報、高額獎金、包租公包租婆等，一般保費繳的反而繳的比領經常性薪資的上班族少的不公平現象。